Man kann gegen das fs-api.jar nicht compilieren, das stimmt. Man benötigt bei der Entwicklung zum compilieren auch immer ein/das passende Runtime-Jar (fs-access.jar, fs-webrt-jar oder andere jars der Module wie z.B. fs-personalistation, fs-security etc), welche auch später zur Ausführung benötigt werden.
Man kann das fs-api.jar aber sehr gut nutzen, um schon während der Entwicklung (für die Verwendung von DEV-/ und ACCESS-API) eindeutig zu erkennen, ob man sich im öffentlichen API-Bereich bewegt oder nicht.
In IntelliJ kann man das jar so einbinden, dass man die entsprechenden Stellen direkt highlighted, wenn man außerhalb der stabilen API arbeitet. Ob ähnliches auch in Eclipse oder anderen IDEs möglich kann ich nicht beantworten.