Hallo Timo,
Deine Beobachtung ist vollkommen richtig. In dem Referenzgraphen werden keine (medien) Verwendungen aus den Metadaten gespeichert. Du kannst aber gern für die V5 einen entsprechenden FeatureRequest stellen.
Als Lösung für dein Problem: erstelle ein verstecktes Template, in dem Du die Metadaten von allen Knoten durchläufst und dort gefunden Medien einfach referenzierst, also z.B. über
$CMS_VALUE(ref(media:"MyMEDIA"))$
Dann landen auch die Medien aus den Metadaten in dem Referenzgraphen und beim Löschen von solchen Medien wird eine ensprechende Meldung angezeigt, dass das Medium noch verwendet wird.
Gruß,
Walter.