Kurz und knapp: WebEdit sollte im Dollar Safe Mode (bzw. no-conflict-mode) laufen.
Begründung: JavaScript-Code aus einem anderen Framework als MooTools sollte nicht verändert werden müssen, nur weil man sich entscheidet, WebEdit zu nutzen. Die entscheidenden Skripte eines Webauftritts sind die, die für den Besucher sichtbar sind und nicht die für den Redakteur. Der Konflikt mit einem anderen JS-Framework wird schließlich durch WebEdit hervorgerufen, also sollte auch hier der Konflikt behoben werden.
Eine Umstellung von WebEdit auf den Dollar Safe Mode hat aus meiner Sicht keinen einzigen Nachteil, einige Vorteile und löst den Konflikt dort wo er entsteht. Auf jeden Fall würde es die Integration von WebEdit in JavaScript-lastige Projekte deutlich erleichtern.