Hallo Silke,
wie Sebastian schon erwähnt hat hört sich das nach einem Bug / Feature 
an.
Wir hatten ein ähnliches bzw. gleiches Verhalten oft beim Im- und Export von Projekten. Dabei sind die Pakete verloren gegangen, aber die darin enthaltenen Elemente hatten noch immer die entsprechenden Beziehungen. Wir haben uns da immer mit ein paar kleinen Skripten beholfen, die die noch vorhandenen Beziehungen über die API entfernen.
Etwa wie folgt:
public void removePackageRelations(String... packageNames) {
LOGGER.info("# Start removing package relations");
for (Type type : Type.values()) {
LOGGER.info("## Start removing package relations for store: " + type
.getName());
Store store = FsStoreUtil.getStore(project, type, true, false);
Listable<PackagePoolItem> children = store
.getChildren(PackagePoolItem.class, true);
for (String packageName : packageNames) {
for (PackagePoolItem packagePoolItem : children) {
if (packagePoolItem.isPackageItem() && StringUtils
.equals(packageName,
packagePoolItem.getPackageName())) {
removePackageRelations(packagePoolItem);
}
}
}
}
}
private void removePackageRelations(PackagePoolItem packagePoolItem) {
Package package1 = packagePoolItem.getPackage();
if (null != package1) {
try {
LOGGER.info("Trying to remove PackagePoolItem with ID '"
+ packagePoolItem.getId() + "' from package '"
+ package1.getName() + "'.");
packagePoolItem.removeFromPackage(packagePoolItem.getPackage());
LOGGER.info(
"Removed PackagePoolItem with ID '" + packagePoolItem
.getId() + "' from package '" + package1
.getName() + "' successfully.");
} catch (LockException | ElementDeletedException e) {
LOGGER.error("Failed to remove PackagePoolItem with ID '"
+ packagePoolItem.getId() + "' from package '"
+ package1.getName() + "'.", e);
}
}
}
Evtl. hilft dir das ja schon weiter.
Grüße
Sandro
