Hallo Mona,
die FS-DEV-Tools sind eine Implementierung der API der "Externen Synchronisierung".
Die "Externe Synchronisierung" ist momentan darauf ausgelegt, Dateien extern bearbeiten zu können.
Beispielsweise könnte man so, CSS-Dateien im Lieblings-CSS-Editor bearbeiten oder Templates in einer IDE.
Der Export und Import der Dateien geht dabei aber immer gegen das selbe FirstSpirit-Projekt auf dem selben FirstSpirit-Server.
Ein weiterer Anwendungsfall ist die Übertragung von Änderungen von DEV auf QA und PROD.
Dabei gibt es normalerweise folgende Ausgangsbasis:
Projekt A auf Server DEV
Projekt A auf Server QA
Projekt A auf Server PROD
Initial haben alle Projekte den selben Entwicklungsstand.
Führt man nun Änderungen (Templates, Layout-Medien) in Projekt A auf Server DEV durch, kann man diese Änderungen mit den FS-DEV-Tools von dort exportieren und in Projekt A auf QA und Projekt A auf PROD importieren.
Diese beiden Anwendungsfälle werden sowohl von den "Externen Synchronisierung" als auch von den FS-DEV-Tools vollständig unterstützt.
Den von dir beschriebenen Anwendungsfall würde man als "verteilte Entwicklung" beschreiben. Die größten Herausforderungen sind dabei die Merge-Konflikte bei parallelen Änderungen.
Diese Mergekonflikte möchte man natürlich gerne direkt im VCS auflösen.
Aktuell unterstützen wir diesen Anwendungsfall noch nicht, da es, wie von dir beschrieben, zu Merge-Konflikten in nicht fachlichen Dateien kommt (.FirstSpirit-Ordner).
Den .FirstSpirit-Ordner zu löschen oder zu ignorieren ist nicht empfohlen, da FirstSpirit darüber verschiedenste Referenzen auflöst und ein fehlerfreier Ex- oder Import nicht mehr gewährleistet werden kann.
Was man aktuell machen kann ist, bevor man seine lokalen Änderung exportiert und committed, zunächst den aktuellen Stand aus dem VCS zu pullen und einen Import nach FirstSpirit durchzuführen.
Dabei werden eventuell die lokalen Änderungen überschrieben. Diese kann man jetzt aber innerhalb von FirstSpirit über die Versionshistorie und den Merge-Dialog mergen.
Anschließend macht man einen Export, Commit und Push.
Das ist sicherlich nicht die schönste Lösung aber wir arbeiten daran, die Merge-Konflikte in nicht-fachlichen Dateien zu vermeiden und so den Merge innerhalb des VCS zu vereinfachen.
Ich hoffe, das bringt ein wenig Licht ins Dunkle. 
Viele Grüße
Christian